Dopo la grande guerra dei Ninja,quasi tutti i villaggi,vincitori e vinti,sono caduti in un periodo di stallo... Tra tutte le città spiccano Konoha e Suna,le più popolate,le più forti e resistenti.Le rimanenti due,Oto e Kiri,riversano in una crisi politicoeconomica. Comunque sia in ogni villaggio nascono nuove forze,nuovi Genin pronti a sacrificare la vita per il cuore della propria regione.
In contempo,nel Villaggio della Pioggia,Orochimaru,leggendario Ninja Traditore,rifonda l'Akatsuki...Associazione temuta in passato da tutti i villaggi e dai rispettivi Kage. Con il passare del tempo scorge tra i Mukenin una stella nascente,Uchiha Akashi,ragazzo portentoso e spietato...Da subito un'alleanza lega i due Mukenin,i quali proggettano una tragica fine per il villaggio nascosto della nebbia.
Intanto i Kage di Suna e Konoha,Gaara e Tastumaru Uchiha,venuti a conoscenza tramite spie della rinascita dell'Akatsuki,decidono di fare un incontro presso il confine tra i due villaggi. Anche se la situazione non sembra molto chiara,Gaara,il Kazekage,propone di fondare una lega il cui scopo è la difesa dei villaggi.
Allo stesso tempo Orochimaru e Akashi si muovono verso Kiri,vogliono rendere il villaggio la nuova base operativa dell'Akatsuki,però il villaggio della nebbia, a differenza di Suna e Konoha,non dispone ne di un Mizukage ne di grandi forze belliche,ragion per cui a comando della baracca c'è il governatore Ichijo... Uomo indegno che sottomette la popolazione Kiriana con sopprusi e truffe. Ichijo,a causa del suo carattere,viene ucciso a sangue freddo da Orochimaru. Il segno è quindi chiaro,Kiri è stata conquistata... Lo stesso giorno Orochimaru si reca presso il "Grande Ponte Naruto" per prelevarela Kubikiri Bochou di Zabuza,Ninja ormai deceduto da anni.
All'incontro tra Suna e Konoha intanto,Dusk Genin della foglia si scopre esser una spia al servizio dell'Akatsuki...l'Hokage non perde tempo e proprio quando sta per catturarlo una fitta nebbia cala sul campo... Sembra che un misterioso Ninja di Kiri sia venuto a catturare Dusk,il cui vero nome risulta essere Sanzo,a causa della nebbia nessuno riesce a visualizzare il volto del nuovo arrivato. Prima di andare via il Ninja di Kiri si fa chiamare "Demone della Nebbia" appellativo usato in passato dai Ninja per soprannominare il leggendario Zabuza... Dopo poco tempo Sanzo (Dusk) e il Demone della Nebbia svaniscono,lasciando l'amaro sulla bocca di tutti.
Akashi intanto scopre del dono che Orochimaru gli ha voluto fare per gli anni di servizio e per la grande collaborazione che fino ad ora li ha legati. Nella torre del Mizukage l'Uchiha trova la "Kusanagi" e ivi se ne appropria.
Dopo la scomparsa dei due Ninja,Gaara da delle indicazioni sulla lega che presto nascerà,il nome di questa sarà "Lega di Shinomori" e ne faranno parte i Ninja più valorosi di Suna e Konoha.
